La Residenza di Palazzo Pfanner, unica parte del Palazzo attualmente visitabile, racchiude al suo interno un ampio salone centrale affrescato negli anni venti del Settecento dal pittore ‘quadraturista’ Pietro Paolo Scorsini, da cui si dipartono sale laterali arricchite da mobili d'epoca, pregiate suppellettili, oggetti sacri e una trecentesca statua lignea raffigurante l'Arcangelo Michele.

La Residenza ospita un'esposizione permanente di strumenti medico-chirurgici e antichi testi di medicina appartenuti a Pietro Pfanner (1864-1935),  chirurgo, filantropo e sindaco di Lucca dal 1920 al 1922.